Ingresa a la escuela de Agronomía de la Universidad de Chile avalado por una "Beca de Mérito", la que obtuvo por su excelente nivel académico. La especialidad de Enología y Viticultura la realiza en la Pontificia Universidad Católica de Chile. En 1995 rinde el mejor examen de enólogo mediante el cual se titula.

Ingresa en Viña Tarapacá como asistente de enólogo, responsable directo en el funcionamiento de la planta enológica y de las líneas de varietales de mercado nacional y exportación. En el año 2001 ingresa a Viña Misiones de Rengo como Enólogo Jefe, con el objetivo de desarrollar un estilo de vinos únicos y crear un área de asesoría vitícola muy potente para productores de uva.

En 2003 lanza la línea Gran Reserva Cuvée, que en los últimos 3 años se ha consolidado en un lugar de excelencia, con diferentes premios y reconocimientos internacionales que dan cuenta de ello (la revista Wine Enthusiast le otorgó 91 puntos a su Carmenère Gran Reserva Cuvée en 2007).

En 2008, empieza su búsqueda para encontrar los mejores terroir de climas “fríos” de Chile para elaborar los vinos blancos de más alta calidad. Dos años después el Gran Reserva Cuvée Chardonnay proviene del Valle de Leyda y el Reserva Chardonnay de Casablanca. Sebastián Ruiz Flaño cree fuertemente en el enorme potencial, tanto a nivel nacional como internacional, que tiene la cepa Carmenère, variedad de uva emblemática de Chile. Es por eso que Viña Misiones de Rengo cuenta con un Carmenère en cada una de sus tres líneas de vinos: Gran Reserva Cuvèe, Reserva y Varietal; y en los nuevos proyectos que vendrán.